画像解析で普段から使用しているFijiのインストール方法についてまとめてみます。
ImageJについて
imageJは生命科学分野で使われている画像解析のためのソフトウェアです。
プログラミング言語Javaで書かれており、OSに依存せずwindows,Mac,Linuxで動作するので、多くの人が使用しています。
オープンソースソフトウェアで、プログラムがどういう処理をしているかが全てGitHubで公開されています。プログラムがどういう処理をしているかが明確なので、科学研究分野で広く使われるようになりました。
Fijiについて
FijiとはimageJの種類の一つで、研究者や開発者がimageJに様々な機能を追加して、まとめたパッケージとなっています。
FijiはimageJの上位互換のソフトウェアとなっているため、基本的にFijiをインストールすることをオススメします。
また、Fijiを使って論文を出す際には以下の論文を引用します。
Schindelin, J.; Arganda-Carreras, I. & Frise, E. et al. (2012), “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis“, Nature methods 9(7): 676-682, PMID: 22743772
Fijiのインストール方法
fijiをインストールするにはimageJ.netにアクセスしてください。
もしくは、Googleで”Fiji Download”と検索すると検索結果の一番上に出てきます。
fijiのダウンロードサイトにアクセスした後、自分の使用している環境に合わせたFijiを選択しアイコンをクリックするとダウンロードが開始します。
ダウンロードしたファイルを解凍します。
●Windowsの場合にはダウンロードしたファイルの中にimageJ-win64というアプリケーションがあるので、それをダブルクリックするとFijiが起動します。
●macの場合にはダウンロードしたファイルをダブルクリックすると、Fijiのアプリケーションが表示されるのでそれを起動します。
FIjiを起動するとこのようなメニューが出てきます。
Fijiのバージョンの確認方法
最後にFijiのメニューからHelpを選び、次の項目でabout imageJをクリックして現在のバージョンを確認します。
論文や進捗報告の際にはimageJのバージョンを記載するようにしましょう。
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