NikonやOlympusの顕微鏡で取得したイメージ画像のデータはフォルダからドラック&ドロップすることで読み込ませることができます。
イメージ画像が読み込まれると新しいウィンドウが表示されます。
基本的にはStack viewingとColor optionsの二つをあらかじめ設定すると後で楽になります。
顕微鏡画像の場合はHyperstackを選ぶと疑似カラーをつけることができるので、Hyperstackを選びます。Standerd ImageJを選択するとモノクロの画像が出力されるので、顕微鏡で複数の波長を用いて画像を取得している場合にはStanderd ImageJを選択しないようにしましょう。
Hyperstackを選択しておくとColor modeが選択できるようになります。
Color modeはDefault, Colorizedがそれぞれの波長で取得した画像チャネルを一つ一つ表示させるモードとなります。Compositeはすべてのチャネルを合わせた画像を表示させるモードです。これら3つのモードは顕微鏡で使用した疑似カラーを元に色が決定しますが、3色の画像チャネルの場合はなぜかすべて同じ色で表示されてしまうようです。
Grayscaleはすべての画像チャネルをモノクロで表示させることができます。
Customはあらかじめ色を調整して表示させるモードです。3色の画像チャネルで撮ったデータや顕微鏡の設定と違う色をつけたい場合、こちらを選択すると良いでしょう。一度調整した色は保存され、次に別の画像を開くときにも同じ色の設定で開くことができます。
最後に顕微鏡画像のデータを一つの画像として開くか、チャネルごとに画像を分けるか、Z軸、T軸を取っている場合はそれらを一枚ずつ表示させるかどうかを選択しましょう。基本的にはチェックを入れないもしくは一番のみチェックをつけてチャネルごとに画像を開くといいでしょう。
以上を選択しすると顕微鏡画像が開けます。 Color modeでCustumを選んだ場合は色を調整しましょう。Channelの番号は波長の短いほうから順番に並んでいます。
画像を開いた後にColor modeを変えたい場合はメニューバーからChannelsを開き、モードを変更することができます。（shift + ｚにもショートカットキーが割り振られています。)
補足
上記の設定は顕微鏡画像をFijiに読み込ませるたびに選択しなければなりません。仮に一度に複数の画像を開こうとすると、初期設定のままでは何度も同じ操作をすることになります。それを回避したい場合、メニューバーからBio-Formats Plugins Configrationを選択し設定を変更することができます。
開きたい顕微鏡画像の拡張子を選択、Windowlessにチェックを入れることでドラックアンドドロップした顕微鏡画像すべてに対して、一度設定したColor modeなどの設定が自動的に適応されます。
設定を変更したい時にはWindowlessのチェックを外し、再度設定を行いましょう。
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